학계에서는 이 시기 대가야는 친백제 세력에 의해 정국이 주도되었다고 보고 있으며, 대가야 중심부에 백제 묘제의 영향을 그대로 받은 고령 고아리 벽화고분(사적 제165호), 고아2동 고분, 절상천정총(折上天井塚, 고령군 지산리 소재) 등 새로운 형태의 무덤이 축조된다는 점을 근거로 삼고 있다.

이에, 백제기술이 적용된 이번 목곽고의 발견은 이 학설을 보완해줌과 동시에 대가야 말기의 역사를 복원하는 하나의 근거가 될 것으로 기대된다.
한편, 목곽고의 폐기과정은 대가야 멸망 이후의 상황을 반영하고 있다. 최초 폐기층의 바닥에 소토(燒土, 불에 탄 흙)와 목탄의 흔적이 잘 남아있으며, 6세기 후엽 경의 신라 단각고배(短脚高杯, 짧은 굽다리 접시)편 등이 출토되었다. 이러한 점으로 미루어 목곽고는 신라가 대가야를 병합(562년)한 직후 다시 사용하지 못하도록 신라에 의해 의도적으로 불태워졌을 것으로 추측된다.

이번 발굴조사 결과는 그동안 주로 묘제에 한정되어 진행되던 대가야 역사 연구의 범위를 확장함과 동시에, 문헌자료의 부족으로 해결하기 어려웠던 대가야 말기의 역사, 즉 6세기 중엽 전후 대가야의 정치적 상황, 백제·신라와의 대외적 관계와 문화교류의 측면을 어느 정도 복원할 수 있는 계기가 될 것으로 전망된다.

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