그러면서 "총장 직선제의 폐단으로 교육이나 연구 분위기가 훼손될 정도로 공약의 여러가지 폐단이 나타나고 그 후에 학내분열 인사, 행정의 비효율성이 있다"며 "가급적 추천위를 구성해서 간선제로 모든 의사를 종합하는 방안을 추진해 온 것은 사실"이라고 설명했다.

황 부총리의 이같은 발언에 민홍철 새정치민주연합 의원이 "국가공무원법에는 간선제와 학내 합의 방안을 모두 허용하는 것으로 규정돼 있다"고 말하자 황 부총리는 "교육부 방침과 관련해 폐지 여부에 대해서는 여러 의견을 종합해서 검토하겠다"고 밝혔다.

그는 "개인적으로 깊은 아픔을 느끼고 어제 하루종일 사안을 파악했다. (조문을 위해) 내려가겠다"며 "그러나 장관으로서 공사는 나눠서 입장을 밝혀야 하고 교육부가 꾸준히 추진해온 정책이기 때문에 신중하게 입장을 밝힌 것이니 오해 없기를 바란다"고 덧붙였다.