권순호 영장전담 부장판사는 "업무상 횡령 부분에 관해 혐의 소명이 있고 증거인멸의 염려가 있다"며 구속영장 발부 사유를 밝혔다. 오민석 영장전담 부장판사도 "죄를 범했다고 의심할 만한 상당한 이유가 있고 증거인멸의 염려가 있다"고 판단했다. 

김 전 기획관은 2008년 2월부터 2011년 12월까지 청와대에서 근무하며 김성호·원세훈 전 국정원장 시절 각각 2억원씩 특수활동비 총 4억원을 불법적으로 수수한 혐의를 받는다. 김 전 기획관은 혐의 일체를 부인한 것으로 알려졌다.

김 전 비서관은 원 전 원장 시절 특수활동비 약 5000만원을 받은 혐의가 적용됐다. 검찰은 이 돈이 민간인 사찰 사건 폭로자 입막음용 등으로 사용된 것이 아닌지 의심하고 있다.

검찰은 원 전 원장의 국정원 특수활동비 횡령 혐의 수사 과정에서 이들의 혐의를 포착했다. 원 전 원장은 검찰 조사 과정에서 일부 범죄 혐의를 시인한 것으로 전해졌다.

한편 두 사람이 나란히 구속됨과 동시에 다스 관련 수사에서도 핵심 참모들이 입을 열기 시작하면서 구정원 특활비와 다스 수사는 이명박 전 대통령을 정조준할 것으로 보인다.